Người bản thổ châu Mỹ thuộc bộ tộc Chinook và Clatskanie đã định cư trong vùng hàng nhiều thế kỷ trước khi Robert Gray, thuyền trưởng của con thuyền Columbia Rediviva đến đây vào năm 1792. Cuộc thám hiểm của Lewis và Clark đã di chuyển và cắm trại dọc theo bờ Sông Columbia trong khu vực mà sau này là Quận Columbia trong cuối năm 1805 và trên chuyến trở về của họ đầu năm 1806.

Quận Columbia được thành lập năm 1854 từ phân nửa phía bắc của Quận Washington. Milton là quận lỵ cho đến năm 1857 khi quận lỵ được dời đến St. Helens.